除了明确的主线指引，游戏世界各处还散落着大量未明确提示的隐藏任务，这些内容构成了游戏深度体验的重要组成部分。玩家若要全面领略游戏世界的魅力，便需要主动探寻这些不显于表面的挑战与秘密。许多隐藏任务并不会直接出现在任务清单中，它们往往与特定的地点、先祖、环境互动或多人协作条件紧密绑定，等待着细心的旅人去发现和触发。
游戏本体内的各个地图是隐藏任务的主要载体。在云野的圣岛季地图中，便存在一系列寻找编钟的隐藏任务，这些编钟散落在海上巨石、瀑布右下角、水帘洞等特定位置，需要玩家仔细探索才能逐一寻获。一些特殊的游戏机制也能催生出隐藏玩法，如在捉迷藏玩法中利用隐身状态帮助先祖运输物品，或是在常规的运输任务中，与其他玩家采取一人运输、一人保护的协作策略，这些基于游戏机制延伸出的互动方式，本身也构成了富有乐趣的隐蔽挑战。
探索隐藏区域是解锁隐藏任务的关键途径。游戏中的隐藏图通常指那些需要通过特殊结界或满足一定条件（如收集指定数量的先祖动作）才能进入的地图区域。云野的左、右隐藏图，雨林右侧的隐藏图，以及霞谷和墓土中需要通过特殊路径（如从结界侧上方飞行、通过上方管道进入）才能抵达的区域。这些隐藏区域内部，往往设置了需要玩家完成的特殊任务、需要收集的记忆碎片，或是藏有额外的光之翼等奖励，进入这些区域本身就是一场解谜与探索。
完成这些隐藏任务的最终目的，在于获取独特的游戏内奖励与完整的叙事体验。奖励通常体现为先祖那里可兑换的限定装扮，例如特定的面具、斗篷、发型或乐器，这些物品需要玩家通过完成任务收集蜡烛和爱心来解锁。许多隐藏任务与先祖的故事背景和游戏的世界观紧密相连，完成它们有助于玩家拼凑出更加完整的故事脉络，理解光之王国过去的历史。这个过程不仅丰富了玩家的物品收藏，更深化了其与游戏世界的情感连接，实现了从单纯游玩到沉浸体验的转变。
