通关口袋妖怪金银意味着你的城都地区冒险告一段落，但游戏的旅程远未结束，此时正是开启宝藏猎人之旅的最佳时机。击败四大天王和冠军后，游戏世界会向你展开更多隐藏区域和挑战，其中就包含了大量通关前无法触及的稀有物品。许多强大的道具、进化所需的珍稀材料以及传说中的宝可梦都设计在通关后的内容中，等待你去发现和获取。返回研究所与博士对话，他可能会赠予你诸如终极精灵球这样的高级道具，为你的后续收集工作提供助力。
通关后，世界的格局发生变化，其中最引人注目的就是可以乘船前往关东地区，挑战那里的八个道馆，集齐全部十六枚徽章。这个过程本身就是一项巨大的成就，而在这片广阔的新地图上，散落着更多稀有物品。在关东地区的特定山洞或水域，你可以找到一些仅在此处出现的进化石或特殊技能机器。完成关东地区的所有挑战后，你将获得前往白银山的资格，在那里等待你的是最终的试炼，战胜强大的对手后，你也将获得相应的荣誉与可能的稀有奖励。
传说中的宝可梦是通关后稀有物品收集的核心目标之一。在城都地区徘徊的三圣兽——水君、雷皇和炎帝，在你于烧焦塔释放它们后，便会开始在野外随机出现，追踪并捕捉它们是极大的挑战。而更为强大的凤王或洛奇亚，则需要你获得对应的金色之羽或银色之羽才能触发捕捉剧情。这些羽毛本身就是通关流程中取得关键胜利后才能获得的稀有道具。在心金魂银版本中，通关后甚至可以通过完成特定条件获得红玉、蓝玉，用于捕捉古拉顿或海皇牙，若将两者集于一处，更能获得绿玉来遭遇裂空座。
除了神兽，游戏中的诸多隐藏地点和遗迹也在通关后展现出全部价值。阿露福遗迹的拼图解谜，完成特定图案后，不仅能遭遇各种形态的未知图腾，还能进入秘密房间，了解历史并获得多种道具。一些之前无法进入或无法完全探索的洞穴，如藏有龙之牙的洞穴或存在秘传机器07冲瀑布的冰之捷径，都需要你在游戏后期掌握全部秘传技能后才能深入，这些地点深处往往藏着珍贵物品。
游戏中的稀有物品还包括功能独特的道具和强化装备。用于提升宝可梦能力的各类珍稀牙、爪等持有物，或者像王者之证这样用于特定进化的道具，它们可能隐藏在人迹罕至的角落，或是需要与特定NPC交互才能获得。通过完成通关后的支线任务，例如帮助电台塔清除残余的火箭队势力，或解决一些城镇居民的委托，都有可能得到这些稀有物品作为答谢，它们能显著提升你队伍的战斗潜力。
