手动刷积分主要涉及忍者之路、决斗场、活动副本及团队副本等场景，各自有对应的操作技巧。
针对忍者之路这类限时活动，快速获取积分的关键在于利用游戏匹配机制。可以在活动要求累计击败忍者的任务中，先进入游戏设置关闭只匹配玩家的选项，然后通过故意连续输掉几场常规对战，系统便可能为你匹配到由三个基础忍者组成的人机对手。面对人机时，使用技能范围大、伤害高的忍者可以快速击败前两个敌方忍者，为了持续匹配到人机以高效刷分，在击败两个后可以选择主动输掉对第三个忍者的战斗，以此循环。这样便能以较高的效率完成击败数量任务，从而累积活动积分，用于兑换随机S级忍者碎片或霸体秘卷碎片等奖励。
手动刷取高分则需要玩家熟悉活动机制与敌人行为。这类活动通常根据玩家每日挑战的表现累计积分，面对特定的首领敌人时，需要观察其攻击模式，例如白面具会释放各种忍术和体术攻击，并可能有其他单位协助，手动操作时需要灵活走位，小心应对，抓住输出时机，通过提升单次挑战的完成质量来获取更高积分。
决斗场的段位积分是游戏核心的竞技积分，手动上分主要依靠提升个人操作技术。在早期的积分赛模式中，存在一种利用游戏机制的技巧，即在战斗过程中判断即将失败时，可以快速切换手机后台强行关闭游戏应用再重新登录，这样有时可以避免本次战斗失败扣分且不消耗挑战次数，但这种方法依赖于特定版本的机制并不保证始终有效。更常规的技巧是组建合理的阵容，例如选择技能不易放空的忍者，并保持每日参与，通过持之以恒的对战和战力提升来稳步增加积分。
团队副本如佩恩入侵的积分获取，则侧重于团队协作与机制熟悉。手动刷取这类积分需要积极参与每周的团队挑战，通关后必定获得固定积分。对于新手或战力较低的玩家，可以采取混车策略，即在人多的时间段参与匹配，借助高战力玩家的带领通关。在副本过程中，掌握特定的操作技巧也能提高效率，例如在拯救村民的阶段，站在两个村民中间释放技能可以同时拯救两人，而在面对天道首领时，则需要注意其技能阶段，等待其查克拉下降到安全线后再进场输出，这些手动的细节处理能帮助团队更稳定地通关从而积累积分。
